Como una de las ciudades más grandes de Uruguay, Paysandú requiere los cuidados de seguridad de cualquier aglomeración urbana importante. Sin embargo, la ciudad es segura y está bien custodiada por varias seccionales policiales que cubren toda su área.
La Jefatura de Policía departamental está en Leandro Gómez 1039 (teléfono 4722 1813). Hay cuatro comisarías: Seccional Primera (Zorrilla de San Martín 815, teléfono 4722 2231), Segunda (Sarandí 871, 4722 2230), Tercera (Av. Italia y Rodríguez Nolla, teléfono 4723 6197) y Quinta (Av. de las Américas s/n, teléfono 4722 4749). El teléfono de emergencias es 911 y el de la Policía Caminera 4722 7557.
Paysandú cuenta con numerosos servicios de salud: Hospital Departamental Galán y Rocha (Monte Caseros 520, teléfono 4722 4836), COMEPA (Colón 1224, teléfono 4722 4226), UCEM (Florida 1030, emergencias al 4722 4700) y SIET (18 de Julio 1234, emergencias al 4722 3228).
